《超市之女》描述一个傻头傻脑的老板五郎,不善经营旧式超级市场「正直屋」,在另一家擅於耍弄行销的「减价大王」超市的威胁下,生意一落千丈。「减价大王」更打算以高薪挖走「正直屋」多个部们主管,「正直屋」前景岌岌可危。平凡小镇的大楼突然出现了巨大怪兽,随后自卫队紧急出动,小镇陷入骚乱中。而此时少女YUKI却意外得知同校男生少年TETSU的秘密。原来,TETSU的家里养着一只和这个奇妙生物极为相似的宠物千子。YUKI对TETSU和千子的关系充满了好奇。