全片由三段故事组成:《捉奸记》瓷器行老板娘(夏雯 饰)与街对面铁匠铺的王大锤勾搭成奸。所谓常在河边走,哪有不湿鞋的。两人的奸情最终为瓷器行老板得知,老板连同老婆娘家的哥哥一起赶来捉奸,结果反被老婆和王某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。