上杉景虎原名北条氏秀,是北条氏康的七子,在北条与上杉家结盟这后被家人送到上杉家做上杉谦信的义子,必名为上杉景虎。1578年,上杉谦信病死景虎和上杉谦信的另一个养子上杉景胜之间展开了争夺家督继承权的战争史称“御馆之乱”。在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩,而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察,没有任何动作,好像一切都已经写进了剧本。而他身上却隐藏着连自己都不知道的秘密,那就是附在其身上 的泰迦奥特曼的光之粒子,泰迦奥特曼在优幸体内苏醒的那一刻,新的故事开始了……