在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切,一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。十年后,他们才二十几岁,仍然分享着秘密。他们策划了一个更可怕的谋杀计划。。。桥本饰演的主人公小冢由里在一个居民区长大。尽管在美珠玛·里诺·里子之前,他就知道自己遭到了祖父的性虐待,但由于她无法很好地保护她,他感到很沮丧。暗杀了一名男子,以保护遭到歹徒袭击的密友坂崎正久。Kui扮演的角色是搬到与Yuri相同的住宅区,利用父母离婚的机会,开始渴望城市的真正风帆。Yoshikawa扮演的角色是,由于受到虐待而与Yuri疏远,从一个恶劣的家庭环境变成了一个犯罪女孩。