从那时起,五年过去了。亚马逊几乎被驱逐,世界正在走向和平。然而,感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大,政府成立了一个新的4C组织,秘密驱逐亚马逊化的人类。其中,童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。偶然相遇、彼此完全不同的朱立和有奈,以及朱立毫无关联的弟弟梨阳和有奈青梅竹马的青梅竹梅兼部长,都是住在同一公寓、就读同一所学校的高中新生。有乃渴望李阳,李阳对朱立怀有一颗难以言喻的心。朱立隐藏了一个秘密,而何晨见证了某个秘密。