而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲,导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球,主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时,与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”,通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。 但喜悦并未持续多久,深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨,在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前,晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民,米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破,如今只剩下卵。挑战者、抗争者,全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们,晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。 另一方面,比尔沙尔德的指挥官·加尔格,注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。国中二年级学生栉森秀一(二宫和也 饰)与母亲友子(秋吉久美子 饰)、妹妹遥香(铃木杏 饰)住在一起。秀一的父亲早年间车祸去世,十年前母亲改嫁曾根隆司(山本寛斎 饰),而这段婚姻又因为曾根的暴力倾向而夭折。 某天,曾根返回栉森家。在夜幕的掩护下,东京的霓虹灯闪烁,在城市一个不起眼的角落,温暖的深夜自助餐厅悄然开张。诱人的川岛裕子(高冈春树饰演)脸上流露出沮丧的表情,因为她的支持者不久前去世了,没有给她留下任何遗产。