本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助,向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸,并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下,地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。幕府时代,公仪介错人(为剖腹者斩首的刽子手)拜一刀(若山富三郎 饰)执行上层命令,为年幼的地方领主斩首。归来后梦见妻女被人所杀,心生不祥预感。柳生手下拜访拜一刀,看见堂中为断头者摆放的灵位,遂以谋反罪名密告柳生家族。